興味の持てる企業が見つかったことは喜ばしいことですね。今回2つの職種に興味を持っているということですが、基本的にそれぞれの職種にご応募されて問題はありません。ただ、「どんな職種でも良いのだろうか?」と思われてしまう可能性はあります。企業側もその職種に対して真剣に取り組んでいただける人材を求めていますので、応募の段階でこのように思われてしまってはもったいないです。
ですからご応募の際には、なぜその職種に興味をもったのか、総務・経理のお仕事の、それぞれどんな場面で自分の力を貢献できるのかをしっかりアピールできるようにしましょう。そうすることで、単に「どの職種でも良い」という安直な理由で応募しているのではないということが伝わると思います。