今回のようなケースの場合、欠勤扱いになり給与が減額されることはありません。ご安心ください。

S.Yさんが入社した企業では、計画年休を採用しているものと思われます。年次有給休暇は、原則として労働者の申請に基づいて取得可能なものですが、労使協定を結ぶことで、企業側で取得日を設定できるようになります。今回であれば「夏季休暇の2日間を計画年休にする」という取り決めが既にされているという状況です。

S.Yさんのように入社間もない方で、年次有給休暇が付与されていない場合には、休業手当の支払いや特別休暇（有給）付与などの配慮がされます。どういった対応がされるのかは企業により異なります。総務担当の方にご確認ください。