口頭では「御社」、書面上やメールでは「貴社」として使い分けると良いです。それぞれ「おんしゃ」「きしゃ」と読みます。

また、応募先をどのように呼ぶのかについては、業種ごとに下記にまとめてみましたので、ぜひご参考にしてください。

業種　　　　　　　　　　口頭上の呼び名（書面上の呼び名）
==========================================
一般企業　　　　　　　　御社（貴社）
病院　　　　　　　　　　御院（貴院）
協同組合　　　　　　　　御組合（貴組合）
銀行　　　　　　　　　　御行（貴行）
信用金庫　　　　　　　　御庫・御金庫（貴庫・貴金庫）
協会　　　　　　　　　　御会・御協会（貴会・貴協会）
省庁　　　　　　　　　　御省（貴省）・御庁
都道府県　　　　　　　　御庁・御県（貴庁・貴県・貴府・貴道）
学校　　　　　　　　　　御校（貴校）
学園　　　　　　　　　　御学園（貴学園）
学院　　　　　　　　　　御学院（貴学院）
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