確かに、戸籍の提出や、両親についてのお話し等を、選考時に求めることは民法に反します。また、M.Iさんがおっしゃるように、現在、企業が戸籍抄本の提出を求めることは禁じられております。これは、選考において本籍地や両親についての情報は必要ないからです。
ただし、本人の生年月日や住所が記載されている住民票であれば、採用後・内定後に提出を求めることは合法となっています(採用選考時の提出は違法です)。そのため、提出をしないことは、「企業に対する入社意志がない」と判断される可能性があります。 もし今後の選考において、個人情報の開示を求められた場合には、「住民票記載事項の証明書」のみを提出することで対応できないか、まずは問い合わせてみてはどうでしょうか。
もし、「住民票記載事項の証明書」に準じないような戸籍抄本の提出や、思想や宗教に関する質問をされた場合には「差し支えなければ、どういった背景で質問されているのか確認したいのですが」とうかがっていただき、その回答に納得された場合のみご回答(もしくは提出)いただければ問題ありませんよ。 個人情報の漏洩等が問題になるケースも発生しており、ご心配かと思いますが、ご自身で判断しながら選考を進めてください。M.Iさんの転職のご成功を心よりお祈りしております。