勤務先の環境についてお困りのようですね。社内の喫煙の状況については、S.Uさんの努力のみでは、改善が難しい部分だと思われますので、それを退職理由とすることは、特に問題はありませんよ。健康上のこともありますし、応募先の企業の方も理解を示してくださると思います。
ですが、それだけを理由としてしまっては、今後に対する意欲などが伝わりませんし、採用担当者が愛煙家の方であれば、それを否定されたように感じるかもしれません。 ですから、煙草に関する点は簡潔に述べ、転職後に仕事上で実現したいことを中心に伝えましょう。そうすることで、S.Uさんの転職に対する強い意欲をアピールすることができます。企業にも良い印象を持っていただけますから、ぜひご検討くださいね。